El término microbiota se refiere al conjunto de microrganismos comensales autóctonos que coexisten dentro de un huésped sin causar ningún daño al mismo. Durante los últimos años, se han incrementado los estudios acerca de la microbiota debido a las nuevas tecnologías de secuenciación de nueva generación. Estas herramientas permiten determinar la composición global de la microbiota en un sitio particular del cuerpo sin la necesidad de aislar los microorganismos.
A través de análisis bioinformáticos complejos, es posible establecer la composición de las bacterias que habitan un determinado nicho ecológico a través de secuenciación masiva y análisis del gen 16S del ARN.
Los nuevos descubrimientos que apuntan a que la composición de la microbiota podría influenciar en el desarrollo de diversas enfermedades2-4, junto a la demostración de que la composición de la microbiota puede manipularse para controlar las enfermedades, han conferido un papel central a la investigación de la misma durante los últimos años. La mayoría de estos estudios se han centrado en el hombre, sin embargo, recientemente se están realizando estudios en otras especies animales.
Entre los modelos animales, el cerdo es importante para la sociedad, principalmente porque dentro de los animales terrestres, su carne es la más consumida en todo el mundo, según la FAO. La industria porcina ha incrementado globalmente y con ella, la emergencia de enfermedades zoonóticas, ya que los cerdos pueden actuar como reservorios naturales de diversos patógenos de alto riesgo tanto para granjeros como para consumidores.
